ԵՊՀ աստվածաբանության ֆակուլտետը հիմնադրել է բանասիրության և փիլիսոփայության դոկտոր, պրոֆեսոր Շահե արքեպիսկոպոս Աճեմյանը 1995 թ․։ Ֆակուլտետը Հայաստանում աստվածաբանության, կրոնագիտության և եկեղեցաբանության մասնագետների պատրաստման եզակի կենտրոն է։ Սկզբում այն ուներ երկու ամբիոն՝ Աստվածաբանության ու Կրոնի պատմության և տեսության։ 2007 թ. ստեղծվել է նաև Հայ եկեղեցու պատմության և եկեղեցաբանության ամբիոնը, որը 2022 թ․ միավորվել է Աստվածաբանության ամբիոնին։
Ֆակուլտետում գործում է ուսուցման եռաստիճան համակարգ՝ բակալավրիատական, մագիստրոսական և ասպիրանտական։
Ֆակուլտետում դասավանդում են հանրապետության անվանի ու առաջատար մասնագետներ, որոնք ծավալում են գիտամանկավարժական ակտիվ գործունեություն։ Ֆակուլտետի դասախոսները՝ որպես հրավիրյալ մասնագետներ, դասախոսություններ են կարդում արտերկրի համալսարաններում, վերապատրաստումներ են անցնում միջազգային հեղինակավոր ուսումնական և գիտական հաստատություններում։
ԵՊՀ աստվածաբանության ֆակուլտետում տպագրվում է «Աստվածաբանական և կրոնագիտական հոդվածների ժողովածուն», որտեղ հրատարակվում են թե՛ ԵՊՀ-ի և թե՛ հանրապետության մյուս բուհերի գիտնականների աշխատանքները։
Ֆակուլտետը սերտ համագործակցում է Եվրոպական մի շարք համալսարանների, հատկապես Մարտին Լյութերի անվան համալսարանի հետ (Գերմանիա)։ Ֆակուլտետի շրջանավարտները հնարավորություն ունեն ուսումը շարունակելու այս համալսարանում։
Ֆակուլտետում պարբերաբար դասախոսություններով հանդես են գալիս Ֆրանսիայի, Գերմանիայի և եվրոպական այլ երկրների հրավիրյալ մասնագետներ։
Ուսանողները հնարավորություն ունեն ստանալու մանկավարժի որակավորում՝ մասնակցելով մանկավարժական կրթաբլոկի դասընթացներին (վճարովի հիմունքով)։ Ուսանողների մասնագիտական պրակտիկան կազմակերպվում է ՀՀ ԳԱԱ հնագիտության և ազգագրության ինստիտուտում և Հայաստանի պատմամշակութային տարբեր վայրերում։ Ուսանողական առօրյան առավել հետաքրքիր է դառնում ուսանողական կառույցների ակտիվ գործունեության շնորհիվ։
Աստվածաբանության ֆակուլտետում գործում է եզակի մատենագրությամբ «Աճեմյան» գրադարանը։
Աստվածաբանության ֆակուլտետի տարբեր տարիների շրջանավարտներ աշխատում են ՀՀ պետական համակարգի մի շարք ոլորտներում, գիտական, կրթական, մշակութային և այլ բնագավառներում։
